动物提取物的定性鉴别对于传统检测方法来说是比较困难的，以动物胶类药材为例，在通过动物皮类熬制过程中，胶原蛋白会分解为更小的肽类，难以鉴别，所以掺假现象普遍。用红外光谱及其二维光谱可以直观地对不同胶类进行定性鉴别，还可用于鉴别某种胶的真伪。下图是不同动物胶类的红外原始光谱。

     对于中草药提取物的FTIR傅里叶红外光谱仪定性鉴别应用非常多，例如成分分析、产地鉴别、判断真伪、非法添加检测等等，应用很普及。FTIR的定量分析方法也给行业带来了很多便利，很多中药提取物因生产工艺和储存条件的要求，需在生产过程中添加一定量的麦芽糊精。例如用FTIR快速检测葛根提取物混合粉末中麦芽糊精含量，可使企业有效把握提取物质量，也可帮助市场监管部门有效地监督提取物市场以次充好的混乱现象。下图所示就是葛根粉和麦芽糊精的红外光谱，以及麦芽糊精的定量标准曲线，精度很高。

    还通过红外液体池透射法，定量测定青蒿素和磷酸萘酚奎抗疟复方制剂中青蒿素的含量，从而考察复方的稳定性，建立了简便、回收率高且精密度好的质控方法。